Až do konce života zůstal starým mládencem. Měl si sice vzít svou sestřenici Isabelu, dceru španělského krále Filipa II., ale námluvy se jeho přičiněním protáhly až na dvacet let. Sňatek neustále oddaloval, ale zároveň se ho nechtěl vzdát. Když si poté již dvaatřicetiletá Isabela vzala jeho bratra Albrechta, Rudolfa to nesmírně rozzuřilo a jeho psychické obtíže se rozjely naplno. Ač se nikdy neoženil, měl mnoho milenek.
Do svých komnat si jednu z nich, hraběnku Kateřinu Stradovou, dokonce nastěhoval. S ní zplodil šest nemanželských potomků, které oficiálně nikdy nepřiznal, ale dobře je zajistil. Do vínku některým z nich předal i svou melancholickou náturu, která však v jeho rodině nebyla neobvyklá. Habsburkové si totiž nade vše cenili své vznešené krve a rádi uzavírali sňatky mezi příbuznými, což ale způsobilo celou řadu psychických i fyzických neduhů. Kromě dětí mu jedna z milenek “nadělila” i syfilis.
S jeho zhoršujícím se stavem se stupňovala i jeho nechuť k veřejným jednáním. Vyslance nechal na audience čekat klidně i týdny. Měl problémy se spánkem, trpěl paranoiou. Papežského vyslance obviňoval ze spiknutí nebo odmítal jíst, protože byl přesvědčen, že je jídlo otrávené. Neustále se obával, že ho někdo chce zabít, svým rádcům vyhrožoval popravou. Často si stěžoval na nesnesitelnou žízeň, je tedy možné, že měl cukrovku. Na sklonku života se mu na nohách udělali vředy, na audience prý docházel v pantoflích. Jeho zdravotní stav byl tak špatný, že údajně koncem roku 1611 podstoupil operaci mozku. Zemřel ale až v roce 1612 a nedlouho po jeho smrti vypukla v Evropě třicetiletá válka. Ta rozmetala mnohé, včetně jeho sbírky umění, která byla postupně rozprodána a rozkradena. Naštěstí se aspoň něco málo zachránilo a dodnes to tuto hvězdnou éru Prahy připomíná.

Rudolph remained a bachelor until the end of his life. He was supposed to marry his cousin Isabel, the daughter of Spanish King Filip II, but the courtship lasted up to twenty years. He was constantly delaying the marriage and did not want to give up on it; however, when Isabel was 32, she married his brother Albrecht, Rudolf fell into a rage, and his mental condition fully took off. Although he was never married, he was known to have had several affairs with women.
He even decided to move one of them into his chambres, countess Catherina Strada and had six illegitimate children with her. However, he never really acknowledged the children, but he did secure their future. Some of them inherited his melancholy, which was common in the Habsburg line. Habsburgs valued their noble blood and often married relatives, causing mental and physical problems. Apart from children, one of his mistresses "gave" him syphilis.
As his condition worsened, so did his dislike for public meetings, letting the Ambassadors wait for weeks. He had difficulties with sleeping and suffered from paranoia. He blamed the Pope's Ambassador for conspiracy and refused to eat, believing the food had been poisoned. He was constantly worried that somebody wanted to kill him and threatened to execute his advisors. He often complained about unbearable thirst, possibly suffering from diabetes. At the late stage of his life, he developed ulcers on his feet and attended to his audience in slippers. His health became so bad that he reportedly underwent brain surgery at the end of 1611. He died in 1612, and not long after his death, the Thirty Years' War started in Europe. It destroyed many things, including his art collections, which were gradually sold and stolen. Fortunately, a little survived and remains a reminder of Prague's predominant era.