Na panovníkův psychický stav měli lidé tehdejší doby jasný názor – Rudolfa II. posedl ďábel. Však se nebylo čemu divit, když si Rudolf tak rád zahrával s magií a tajemnými silami. Jeho podivné stavy si nikdo nedokázal jinak vysvětlit. Král se choval opravdu nezvykle, trpěl nepředvídatelnými záchvaty a extrémními výkyvy nálad. Po období záchvatů vzteků obvykle následovalo období apatie, kdy panovník zanedbával své státnické povinnosti. V amoku byl nebezpečný sobě i svému okolí. Několikrát se dokonce pokusil o sebevraždu; jednou kordem, jindy střepem z okenního skla. Dokonce napadl s dýkou v ruce jednoho ze svých rádců. Dnes už víme, že trpěl schizofrenií, kterou měla jeho matka, dědeček i prababička. Tehdejší lékaři mu stanovili diagnózu melancholie, což byl termín, který tehdy zahrnoval celou řadu psychických poruch. Všechno ještě zhoršil syfilis, který značně přispěl k rozkladu jeho osobnosti. Utrápený panovník se téměř chorobně zaměřil na sběratelství všeho druhu, což mu alespoň částečně ulevilo od jeho strastí. Své stihomamy pak také utápěl v alkoholu.

Subjects of the melancholic monarch were quite sure that their ruler was possessed by the devil, and it was no wonder considering he was fond of medieval magic and mysterious power. His sudden mood swings and behaviour were truly odd and could not be explained. At any moment his temper would instantly change unleashing a wave of anger, rage and an episode of tantrums which were followed by a lack of interest and disregard for his royal duties. During his outbreaks of anger, he was a threat to those around him and himself. He attempted suicide several times, once with a sword and another with a piece of glass from a broken window; he even attacked one of his counsellors with a dagger.
It is clear today that all of these manifestations of insanity and madness were symptoms of schizophrenia passed down in the Habsburg family for generations; his mother, grandmother and grandfather also had schizophrenia. However, his physicians claimed he suffered from melancholia, a term that encompassed a range of mental disorders at the time. His condition was aggravated by syphilis, a bacterial infection which contributed to the decay of his personality. The troubled and morbid monarch fixated only on his collections and alcohol to relieve at least some of his misery.