Do svého prvorozeného syna, dona Julia Ceasara d’Austria, vkládal zprvu císař velké naděje. Když se však ukázalo, že se ze syna klube hrubián, bylo to pro něj velkým zklamáním. Don Julius totiž holdoval pitkám a smilstvu, a často dostal do potyček. Rád se toulal po okolí, opíjel se do němoty a znásilňoval ženy, které kolikrát pronásledoval až do jejich domů. Jeho násilné přestupky však Rudolf vždy omlouval. Roku 1607 don Julius, ale opravdu přestřelil. V Českém Krumlově se sblížil s jistou Maruší Pichlerovou, dcerou místního lazebníka, kterou pak brutálně zavraždil přímo v posteli. Slovy tehdejší krumlovského hejtmana se incident stal následovně: Dívku prý „v luoži hrozně nekřesťansky, mnohými ranami bodenými, sečenými, jak v hlavě i v celým životě ji zdělavše, z světa ji zprovodil, uši uřezal, oko jedno vyťal, zuby s dásněmi dolními do oust vrazil, lebku hlavy rozvrátil, až hned mozek její s kusem kordu jeho v hlavě její zůstal.“ O tomto otřesném činu se ihned dozvěděla celá Evropa, která Rudolfova prvorozeného syna už definitivně prohlásila za nebezpečného šílence. Rudolf se o tom doslechl až po měsíci, jelikož se mu jeho rádci obávali tuto hroznou zprávu sdělit. Dal pak dona Julia doživotně uvěznit na krumlovském zámku. Tím se Juliovo šílenství jen prohloubilo. Přestal se mýt a holit, rozbíjel vše kolem sebe, odmítal jíst a poškozoval se. Dokonce se pomazával svou krví i výkaly. Před služebnictvem masturboval. V červnu 1609 se mu v hrtanu vytvořil absces, který si schválně propíchl. To se mu později toho měsíce stalo osudným. Evropa si po jeho smrti musela oddechnout.

At first, the Emperor had high hopes for his first-born son, Don Julius Ceasar d'Austria, but when his son turned out to be a brute, behaving wild and inhumane, he was greatly disappointed. Don Julius took great joy in drinking heavily, and fornication and often got into fights. Completely drunk, he would wander around the neighbourhood raping women which he often chased all the way to their homes. Rudolf II always excused his son's violent behaviour but Don Julius really overdid it in 1607. He was living in Český Krumlov in South Bohemia where he became close to a maiden called Marusha Pichler, the daughter of a local barber-surgeon, who he brutally murdered in her own bed. The town governor described the incident as follows: the girl was said to have been, "stabbed and slashed many times, her life was taken in an instant, her ears were cut off, one eye was cut out, he brutally forced her teeth and her lower gums into her mouth and split her skull open until her brain was left like skewer on his sword."
The whole of Europe immediately heard of this shocking act. There was no doubt now; Rudolf's first-born son was a dangerous madman. Rudolf did not hear about it until months later as his advisers were reluctant to tell him the awful news. He had Don Julius imprisoned for life in the castle of Český Krumlov which only deepened Julius' madness. He stopped washing and shaving, broke everything around him, refused to eat and was harmful to himself, he even masturbated in front of his servants and smeared his own blood and excrement on himself in protest. In June 1609, he developed an abscess in his larynx which he deliberately punctured and later that month proved to be fatal. Europe must have let out a great sigh of relief after his death.