Staroměstští radní chtěli mít všechno důležité pod jednou střechou. Pod svými kancelářemi proto nechali vybudovat menší vězení (tzv. šatlavu) a v 15. století později též i mučírnu, kde působil nejznámější český kat, Jan Mydlář. Do šatlavy se zpravidla zavírali viníci za lehčí zločiny, např. dlužníci. Vězni se dokonce mohli vyměnit s rodinnými příslušníky, aby tresty odseděli místo nich. Ne všem vězňům byla ovšem dopřána shovívavost. V šatlavě byl vyslýchán kupříkladu Jan Nepomucký, než byl na Staré Rychtě umučen k smrti (v domě na rohu dnešních ulic Rytířská a Na Můstku). Nějaký čas zde pobyli někteří z 27 českých pánů, kteří byli na Staroměstském náměstí popraveni v roce 1621, což se stalo krvavou tečkou za bitvou na Bílé hoře. V bolestech tu naposledy vydechl i radikální husitský kněz Jan Želivský, který byl se svými druhy tajně popraven na dvoře radnice. Krev prý ale vytekla strouhou na náměstí, a tak se poprava prozradila a Želivského zfanatizovaní stoupenci se pak radním pomstili ničením a zabíjením.

Ještě níže pod Staroměstskou radnicí se nachází architektonicky ojedinělá soustava odpadních vod. Před více jak sto lety (vznikla v letech 1895–1906) ji navrhl anglický projektant William H. Lindey. Vyřešil tím nejen odvodnění Prahy a přilehlého okolí, ale hlavně problém zaplavování města vodou ze stok. Podzemní komplex slouží Praze dodnes a fakt, že jeho kapacita nebyla dosud nikdy naplněna, svědčí o Lindeyho prozíravosti a precizně odvedené práci. Tato kanalizace odvádí vody z Prahy 1, 2, 3 a části Prahy 5 do Bubenče a její celková délka je přes 3 km. Výjimečně je možné si ji prohlédnout při Dnech otevřených dveří.

The counsillors of the Old Town Hall wanted to keep everything important under the same roof. Therefore, they had a small prison built right under their offices. Later, in the 15th century, they constructed a torture chamber where the most famous Czech executioner, Jan Mydlář, worked. The prisoners were usually guilty of minor crimes and primarily unable to pay off their debts. Prisoners could even swap with family members to serve their sentences in their place. However, not all prisoners were as lucky to come out of the prison alive. For example, Jan Nepomucký was interrogated there before he was tortured to death at Stará Rychta (the house on the corner of Rytířská and Na Můstku streets). Several of the 27 Czech lords executed in the Old Town Square in 1621 (this mass execution was a bloody aftermath of the Battle of White Mountain in 1620) spent some time in the town hall prison, too. The radical Hussite priest, Jan Želivský, was executed with his companions in the town hall courtyard. It was supposed to be a secret execution, but the blood spilt through the gutter into the square. The execution had been revealed, and Želivský's fanatical followers avenged the counsillors with a rage of destruction and death.

Even lower down beneath the Old Town Hall, there is an architecturally unique wastewater system. It was designed over a hundred years ago (1895-1906) by the English architect, William H. Lindey. Not only did his wastewater system help with the drainage of Prague and its surrounding areas, it also protected the city against flooding from the sewers. The wastewater complex is still in use today, and the fact that its capacity has never been filled testifies to Lindey's prudence and his precise work. This sewer drains water from Prague 1, 2, 3 and part of Prague 5 to Bubeneč, and is over 3 km long. Occasionally, it is possible to see it during the Open Days.