Slavný vojevůdce na smrtelné posteli prohrál boj pravděpodobně se zánětem karbunklu a podlehl tak celkové sepsi. Karbunkl je rozsáhlé hnisavé onemocnění kůže, které dnes lze chirurgicky odstranit a zaléčit antibiotiky. Před šesti stoletími však právě toto onemocnění mohlo zapříčinit úmrtí husitského velitele. Jan Žižka se totiž "smrtelně roznemohl od hlízy", což bylo odborníky vyhodnoceno jako zánět karbunklu. Zvažovala se i možnost, že zemřel na mor. Neexistují však žádné doklady potvrzující morovou epidemii v českých zemích v roce 1424. Pokud ano, Žižka by určitě nezemřel jako jediný z družiny. Odborníci dále zvažovali i možnost otravy, rozbor kostí však přítomnost jedu neprokázal.

On his deathbed, the well-known military leader lost his battle most likely to carbuncle inflammation, which then caused general sepsis. Carbuncle is a painful cluster of bumps and boils on the skin, which can be surgically removed and treated with antibiotics today. It could have been this disease that caused the death of the Hussite military leader six centuries ago. It all began after Jan Žižka fell "deadly ill from an abscess", which experts evaluated as carbuncle inflammation. The plague could have been another cause of his death. However, no documents exist that could confirm the plague epidemic in Bohemian lands in 1424. If so, surely Žižka would not have been its only victim. Experts also considered poisoning as the cause of his death, but the bone analysis did not detect any presence of poison.

The district of Žižkov in Prague inherited the name of the Hussite military commander; this neighbourhood near Vítkov got its name in 1877. In 1950, Žižka's bronze statue was placed in Vítkov, and it is one of the largest equestrian statues in the world today – reportedly, it ranks third worldwide.